Растение обладает подушкообразной формой кроны. Густые побеги можжевельника в молодом возрасте направлены параллельно земле, а потом вытягиваются вверх, хотя остаются немного поникающими. Ветви слегка уплощенные, покрыты мягкой хвоей, игольчатой ближе к стволу и чешуйчатой на концах. По оттенку средний можжевельник может быть зеленым, светло-салатовым и даже золотистым, некоторые сорта обладают голубоватым цветом. Приносит овальные синевато-черные шишкоягоды с белесым налетом, но в пищу их не употребляют по причине токсичности. Высота растения достигает 1,5 м., а ширина — 3 м.